Episode Zero
Awal daripada perkenalan kepada para tokoh. Pada bagian ini, Yugi masih belum terfokus pada permainan kartu Might & Wizard tetapi lebih fokus kepada pengenalan Millenium Item dan permainan-permainan kegelapan (Yami no Game) yang dimunculkan oleh kekuatan para benda benda millenium tersebut, yang mana apabila pemain kalah pada permainan kegelapan biasanya akan mendapatkan hukuman / penalti game kegelapan yang mengerikan melalui mata ketiga (yang akhirnya malah tidak pernah diceritakan lagi asal usul mengenai mata ketiga tersebut pada bagian saga berikut. Sempat diceritakan juga mengenai Duel Capsule, namum kalah populer dengan Duel Monster.Legend of Blue Eyes White Dragon
Kisah Duel Monster, dimulai dari Legend of Blue Eyes White Dragon, yaitu seorang anak muda yang datang berkunjung ke toko game shop milik kakek Yugi , di dalam toko itu dia melihat sebuah kartu yang sangat legendaris / Langka, diceritakan hanya ada empat buah di dunia, yaitu Blue Eyes White Dragon yang salah satunya dimiliki oleh kakek Yugi (diberikan oleh teman si kakek). Si pemuda ini berniat membeli / menukarkan kartu ini dengan seluruh isi kopernya namun ditolak, keesokan harinya Yugi yang kagum akan kartu langka ini, diam-diam membawa kartu kakeknya ke sekolah. Seto Kaiba yang mengetahui hal itu, diam-diam menukar dengan kartu palsu replika / bajakan / tiruannya (namun diketahui oleh Yugi dan mengalahkannya dalam sebuah pertarungan).Kartu Blue Eyes White Dragon milik kakek Yugi sebenarnya adalah hadiah dari sahabat kakeknya. Pemberian kartu tersebut merupakan tanda terima kasih teman kakeknya karena telah menolongnya saat terjebak di salah satu situs Mesir kuno.
Dendam akan penghinaan ini, Seto Kaiba kemudian membuat sebuah Duel Arena dan memaksa kakek Yugi untuk bertarung, dan ia berhasil memenangkan pertarungan ini dengan 3 buah kartu Blue Eyes White Dragon yang didapatkan dengan kekuasaannya sebagai pemimpin Kaiba Corp dengan cara yang misterius dan kejam (tidak pernah dijelaskan bagaimana)., lalu dengan kejamnya dia merobek kartu Blue Eyes White Dragon milik kakek Yugi sehingga hanya Kaiba yang memiliki 3 kartu Blue Eyes White Dragon asli yang tersisa di dunia ini.
Melihat Kaiba yang begitu kejam, sehingga tega menyiksa adiknya sendiri (Mokuba Kaiba) Yugi kemudian berniat balas dendam bertarung, untuk menyadarkan bahwa hal itu adalah salah, sebelumnya ia diberi sebuah deck yang misterius dari kakeknya, dan melewati rintangan rintangan puzzle yang ada sebelum menghadapi final boss, Kaiba Seto, pada akhirnya mampu mengalahkan tiga Blue Eyes White Dragon (satu satunya monster yang ATKnya terbesar pada masa ini), yang telah dipanggil ke dalam arena, hanya dengan satu serangan curang dari Exodia (sekaligus Seto Kaiba, ikut terkena serangan ini sehingga shock dan lumpuh).
Duelist Kingdom
Duelist Kingdom merupakan sebuah pulau (lengkap dengan Istana) untuk berduel, Yugi dan Yami Yugi bertarung dengan para duelist yang tersebar di seleruh pulau, untuk menyelamatkan roh kakeknya yang terkurung didalam televisi portable, oleh pengaruh Millenium Item yang dimiliki oleh Pegasus Maxmillion.Untuk dapat membebaskan si kakek yang terperangkap, mereka harus bertarung dengan Raja terakhir (adalah Pegasus, sang pencipta dari game Duel Monster) mereka harus mengumpulkan sejumlah bintang yang didapatkan dari mengalahkan lawan-lawan mereka, apapun caranya. Mulai diperkenalkan juga peraturan baru tentang Fields, yaitu keunggulan yang didapatkan oleh monster monster jika berada pada wilayah tertentu, misalnya Hutan, Laut, Padang Pasir, Pemakaman, dan lain-lain
Pegasus selain sebagai Raja terakhir, adalah pencipta permainan Duel Monster M&W, dia juga memiliki Millenium Eyes yang mampu melihat pikiran lawan duelnya dan bahkan mengurung lawannya, sehingga selalu menang tak terkalahan dalam pertarungan Duel Monster selama ini. Bahkan ia sendiri tidak perlu turun tangan untuk memenangkan pertandingan, hanya menuliskan sebuah memo dan menyuruh anak kecil, ia dapat mengalahkan sang juara dari Amerika, Bandit Keith
Pada masa ini, selain Duel Arena yang diciptakan oleh Pegasus, Seto Kaiba (yang dengan mukjijat tersadar dari shocknya, dan mempengaruhi jalan pertarungan antara Yugi dengan Kaiba palsu) juga telah menciptakan Duel Disk Generasi I yang memungkinkan untuk bertarung di mana saja, walau pengunannya berbentuk cakram yang masih harus dilempar-lempar.
4 Duelist terakhir yang masuk ke final adalah : Yugi - Jounouchi - Bandit Keith
Battle City
Pertarungan dalam Domino City yang memperebutkan gelar raja ("King's Title") sekaligus tiga kartu dewa. Dalam kisah ini juga diceritakan tentang asal-usul tujuh millenium item yang merupakan kunci dari ingatan Pharaoh yang hilang.Turnamen ini diselenggarakan oleh Kaiba Corp., namum Seto Kaiba sendiri ikut bermain dengan adil sebagai duelist, ia bersama-sama dengan duelist lainnya saling bertarung untuk mendapatkan peta menuju area semi-final.
Pada masa ini Duel Disk Generasi I tidak lagi digunakan, tetapi telah disempurnakan oleh Seto Kaiba sehingga lahirlah Duel Disk Generasi II yang lebih mudah digunakan (tidak lagi dilempar seperti generasi pertama) dan dipakai hingga sekarang (dengan berbagai variasi dan modifikasi, namun Duel Disk gen II ini adalah dasarnya).
Pertarungan yang berlangsung dimulai dari babak penyisihan, para duelist bertanding untuk mendapatkan "Rare Card" dan "Puzzle Card" dari duelist lainnya. Rare card adalah kartu langka yang memiliki level tinggi, Red Eyes Black Dragon milik Jounouchi, dan Insect Queen milik Haga adalah beberapa di antaranya. Tentu saja kartu dewa juga ikut diperebutkan. Sedangkan puzzel card adalah kartu transparan yang terdapat kepingan puzzle di dalamnya dan merupakan kartu buatan Kaiba Corp. yang diserahkan masing-masing satu buah kepada duelist yang ikut, dan untuk maju ke babak selanjutnya duelist membutuhkan enam Puzzle Card.
Babak selanjutnya didikuti oleh delapan duelist. Babak ini dilangsungkan bukan lagi di Domino City melainkan di Zeppelin milik Kaiba. Delapan orang yang berhasil lolos adalah Yugi Mutou, Jounouchi, Kaiba, Malik Ishtar (Nam), Rishid (menyamar menjadi Malik), Isis Ishtar, Mai Kujaku, Ryo Bakura.
Giliran duel ditentukan secara acak, duel pertama antara Yugi Mutou dan Ryo Bakura berlangsung dengan campur tangan Yami Bakura dan berakhir dengan kemenangan Yugi. Duel kedua membawa Jounouchi ke babak semifinal setelah mengalahkan Rishid. Dalam duel ini Rishid menggunakan kartu dewa Ra yang palsu dan berujung pada pingsannya Rishid di akhir duel. Duel selanjutnya antara Mai Kujaku dan Malik. Di sini muncul kepribadian gelap Malik dan berlangsung game kegelapan. Mai kalah dan tidak sadarkan diri akibat game kegelapan itu. Duel keempat dimenangkan oleh Kaiba. Kaiba melihat flashback masa lalunya sebagai pendeta bersama gadis pemilik Naga Putih (Kisara).
Babak semifinal menyajikan pertandingan Jounouchi-Malik dan Yugi-Kaiba. Malik mengalahkan Jounochi dan menyebabkan Jounochi koma seperti Mai, sedangkan duel Yugi merupakan duel yang sudah ditakdirkan sejak 3000 tahun yang lalu. Berakhir dengan kemenangan Yugi.
Babak Final diadakan di sebuah pulau, di atas Duel Tower pribadi milik Seto Kaiba (Duel Tower ini memiliki replikanya di dalam cerita Yu-Gi-Oh GX)
Nama-nama The God/Divine Cards (kartu dewa) :
- Sky God Dragon - Osiris (juga dikenal dengan nama Slifer The Sky Dragon)
- The God of Obelisk (disebut juga Obelisk The Tormentor)
- The Winged Dragon of Ra
- The Creator God of Light, Horakhty (Merupakan fusion dari Ra, Obelisk, dan Osiris)
